Inleiding

De basis

Geboorte van het I.T.B. (Instituut Theoretische Biologie)

De Leidsche Theoretische Biologie als een instelling begint in 1935 met de oprichting van de Prof.dr.Jan van der Hoeven Stichting voor "Theoretische Biologie van Dier en Mensch" verbonden aan de Rijksuniversiteit te Leiden. De motor hierachter was C.J. van der Klaauw .
Deze stichting geeft nog steeds de Acta Biotheoretica uit, het oudste theoretisch biologisch tijdschrift ter wereld.

In 1953 wordt ook weer door toedoen van van der Klaauw binnen de Zoologie een afdeling Theoretische Biologie gestart onder leiding van de mathematisch bioloog H.R. van der Vaart.

In 1957 wordt deze afdeling omgezet in een instituut en in 1958 wordt van der Vaart hoogleraar (Leidsch Dagblad 1959.08.19).
Organisatorisch heeft hij veel voor elkaar gekregen. Zo legt hij de basis van wat later het Centraal Reken Instituut zou worden als hij in 1960 het College van Bestuur weet te overreden om voor 1 miljoen gulden een computer te bestellen voor de theoretische biologie. Dat wordt de X1 (ontwikkeld op het Mathematisch Centrum en daarna door Electrologica op de markt gebracht). Deze opzienbare machine had het indrukwekkende geheugen van 64Kb.
Daarnaast deed hij veel advieswerk. Misschien is het daardoor dat zijn publikaties vooral wijzen op fouten in methodologische concepten en onderzoek.
In 1961 vertrekt van der Vaart naar Raleigh, North Carolina.

In de jaren hierna maakt Piet Dullemeijer zich sterk voor een afdeling / instituut voor Theoretische Biologie. Hij wordt aangesteld als diermorfoloog en met zijn holistische benadering ontwikkelt hij een grote belangstelling voor filosofie. Dat niet alleen, hij is ook zeer geinteresseerd in de andere aspekten van de theoretische biologie. Daarmee treedt hij duidelijk in de voetsporen van Van der Klaauw.
Hij is jarenlang directeur van de Jan van der Hoeven Stichting.

Thomas Reydon citeert op zijn website de constatering van Michael Ruse: "Holland has a small subdiscipline which seems virtually unique to that country. So-called theoretical biology runs the gamut from hard-line mathematical modeling to serious study of the philosophical foundations of biology." (Michael Ruse, Philosophy of Biology Today, State University of New York Press, 1988: 86.) De Theoretische Biologie in Leiden is daar een goed voorbeeld van; vanaf de 60-er jaren rust de theoretische biologie in Leiden op een drietal pijlers: de filosofie, de wiskunde en de bioinformatica.

Filosofie

Met de aanstelling van Wim van Laar in 1962 wordt de kiem gelegd voor de filosofische pijler van het ITB. Wim was nauw betrokken bij de Jan van der Hoeven Stichting en de uitgave van de Acta Biotheoretica. Hij leidt jaarlijks seminaria voor biologiestudenten over geschiedenis en filosofie van de biologie.

De aanstelling van Marius Jeuken bestendigt deze filosofisch pijler. Hij wordt in 1966 aangesteld om het Instituut te Leiden en benoemd tot hoogleraar in 1968. Hij werkt nauw samen met de Centrale Interfaculteit (Faculteit Filosofie) en verzorgt onderwijs in de methodologie.
Jeuken was opgeleid als dierfysioloog en als filosoof. Daarnaast had hij als Jesuiet een priesteropleiding gevolgd, waar hij was getraind in de Scholastiek. Bij zijn aanstelling had hij bovendien meegekregen dat hij tenminste de helft van zijn tijd experimenten moest blijven doen omdat hij anders te veel van de werkelijkheid losgezongen zou raken. Hij heeft echter manmoedig stand gehouden en het instituut stevig ontwikkeld. In 1983 is hij overleden.

In 1968 wordt Henk Verhoog aangesteld om de wijsgerige kant te versterken en te helpen bij het opbouwen van de bibliotheek. In het kader van de bevordering van maatschappelijk verantwoordelijkheidsbesef ontwikkelt hij vanaf 1972 cursussen "Biologie en Samenleving" waarin naast wijsgerig biologische vragen ook aandacht wordt besteed aan ethische en sociale vraagstukken.
Als "bio-ethicus" wordt hij gevraagd om deel te nemen aan verschillende adviesorganen van de overheid (dierproeven, biotechnologie). Hij publiceert vooral op het gebied van dier-ethiek en milieu-ethiek.

Later wordt Tom Sprey aangesteld in 19??. Hij verhuist dan van de afdeling celbiologie naar de wijsgerige biologie en verzorgt daar cursussen fenomenologie en holistische biologie

In het laatste decennium van de theoretisch biologie brengt de aanstelling van Diedel Kornet in 1994 als van der Klaauw hoogleraar de filosofie weer terug naar vraagstukken van ken-theoretische aard.

Mathematische Biologie

De wiskundige pijler was al gestart door van der Vaart, maar krijgt zijn vaste basis met de aanstelling van Evert Meelis in september 1966. Evert richt zich in het bijzonder op de biostatistiek.

Als later in 1971 Hans Metz wordt aangesteld komt daarmee de wiskundige modelvorming in het ITB. Na het overlijden van Jeuken volgen enige jaren touwtrekken die in 1986 uitmonden in een dubbelbenoeming met de aanstelling van de hoogleraren Hans Metz en Odo Diekmann. De wiskundige modelvorming neemt in de komende jaren een hoge vlucht en er worden vele promovenda opgeleid die later uitzwermen en de wiskundige modelvorming op andere plaatsen tot bloei brengen. Ook zijn regelmatig onderzoekers tijdelijk te gast om onderzoek te doen aan mathematische modelvorming.

Na vele jaren assistentschap en tijdelijke aanstellingen en beurzen krijgt Patsy Haccou in 1983 (ver nadat ze haar 12½ jarig ambtsjubileum heeft gevierd) een vaste aanstelling voor zowel de statistiek als de wiskundige modelvorming. Samen met Evert Meelis brengen zij een boek uit (Statistical Analysis of Behavioural Data) dat een overzicht geeft van de statistische methoden die van belang zijn voor de biologie.

Bioinfomatica

De derde grondslag van de Theoretische Biologie krijgt in 1978 zijn basis met de aanstelling van Eke van Batenburg voor de bioinformatica. Als studentassistent gaf hij al in 1966 kursussen programmeren voor zowel studenten als docenten, maar met zijn vaste aanstelling (eerst dankzij Piet Dullemeijer nog even 6 jaar geparkeerd bij Morphologie in 1972 maar al wel om bioinformatica te geven) worden jaarlijks kursussen computergebruik voor biologen gegeven in de candidaatsfase. Meer diepte wordt jaarlijks aangeboden in kursussen voor doctoraalstudenten en van begin tot zijn pensioen in 2006 zijn er het hele jaar door studenten op het ITB die een onderwerp doen in de bioinformatica.
Qua onderzoek ligt de focus eerst op modelbouw door middel van simulatiemodellen.

Al snel volgt een 2e aanstelling, Rino Zandee in 1982 die met zijn expertise op het gebied van de systematiek, gecombineerd met zijn computer kunde software ontwikkelt voor analyse van verwantschappen. Zijn programma CAFCA (Collection of APL Functions for Cladistic Analysis) wordt door de hele wereld gebruikt en is de basis voor samenwerkingsprojekten met andere wetenschappers.

Tenslotte wordt Sacha Gultyaev in 1993 aangetrokken om de bioinformatica te versterken. Vanuit zijn expertise op het gebied van virussen wordt samen met Eke van Batenburg het programma STAR (Structured Analysis of RNA) ontwikkeld wat op geheel nieuwe wijze in staat is om pseudoknopen in RNA te voorspellen.

Latere jaren

In 1998 waait er een nieuwe modegril door de vakgroep biologie, namelijk dat groepjes van 3 personen de ideale organisatievorm is. Daardoor explodeert het ITB als alle stafleden van de biologie in groepjes van 3 bijeengezet worden, indien mogelijk gebaseerd op gemeenschappelijke interesses, maar het kan ook op veronderstelde compatibilié d'humeur zoals een malacoloog samen met een bioinformaticus en een filosoof laat zien. Gelukkig wordt binnen een paar jaar duidelijk wat een onzin dit is en groeit het ITB weer organisch terug in zijn oude samenstelling

In 1995 stapt Odo Dieckmann over naar de leerstoel Toegepaste Wiskunde in Utrecht.
In 1999 wordt de groep wijsgerige biologie opgeheven; de mathematische en bioinformatische onderdelen blijven dan nog bestaan.
Hans Metz is gebleven tot 2009 toen hij met emiritaat ging waarna de afdeling Theoretische Biologie door de universiteit werd opgeheven.